山梨学院小学校は、文部科学省から、今年度から平成２８年度までの４年間にわたる「研究開発学校」の指定を受けた。研究開発学校は、将来の教育の在り方を探るために、現行の基準を越えた教育研究を行うことが特例的に許されるパイロット校、実践を通して新しい教育課程・指導方法の開発を実験研究する。平成２５年度は、全国の幼稚園から高校までの中から１４校が指定校に選ばれた。山梨学院小が申請し指定を受けた研究テーマは、「小学生の『科学的リテラシー』育成を目指した新教科『科学科』における、教育課程、指導方法及び評価方法の研究開発」というもの。山梨学院小は、平成１８年度から２１年度に行った「アントレプレナー（起業家）教育」で、山梨県初の指定を受けており 、今回が２度目の指定となった。私立学校（幼小中高）の指定は過去１０年間で１２件だけで、そのうち２件が山梨学院小。短期間に連続して指定されるのは異例で、山梨学院小の研究力・教育力を、文部科学省が高く評価していることが示された。
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